Harry a 11. születésnapján megtudja, hogy varázsló, és felvételt nyert a Roxfortba. Az iskolában fokozatosan megismeri a számára teljesen új varázsvilágot, és szert tesz két jó barátra, Ronald Weasleyre és Hermione Grangerre. Megtanul kviddicsezni, így az elmúlt száz év legfiatalabb fogója lesz belőle. A tanév során kiderül, hogy Voldemort nagyúr, aki tíz éve minden hatalmát elvesztette, megpróbálja megszerezni a bölcsek kövét, hogy így újra testet ölthessen, és visszatérhessen a hatalomba. Harry és barátai megakadályozzák ezt.

A történet elején megismerjük a roppant ellenszenves Vernon Dursleyt, feleségét, Petuniát, és fiukat, Dudleyt, akik elzárkóznak minden hihetetlen vagy furcsa dolog elől. Egy éjszaka a bölcs, öreg mágus, Albus Dumbledore és kollégája, az időnként macskaalakot öltő Minerva McGalagony professzor találkoznak Dursleyék Privet Drive 4. szám alatt található házánál. Ugyanis Petunia varázserővel megáldott nővérét, Lilyt és férjét, James Pottert meggyilkolta a rettegett feketemágus, Voldemort. Meglepetésére azonban fiúkkal, Harry-vel képtelen volt végezni (egy sebhellyel megúszta. A halálos átok visszahullott Voldemortra, aki csak a horcruxok miatt nem halt meg (ld. később). A csecsemőt Rubeus Hagrid, az óriás mentette ki a ház romjai közül, és hozta el a Privet Drive-ra. Az öreg mágus levélben tájékoztatja Dursleyéket a történtekről, és azt kéri, hogy mivel ők az egyetlen rokonai a fiúnak, viseljék gondját unokaöccsüknek.

Vernon bácsi és Petunia néni, muglik (varázstalan emberek) lévén, rettegnek Harry varázserejétől, ezért eltitkolják előle a múltját. Ráadásul azt gondolják, ha kellően erőszakosan, mostohán bánnak unokaöccsükkel, akkor sikerül kiirtaniuk belőle a mágiát. Harry környezetében azonban időről időre furcsa dolgok történnek. Egy állatkerti látogatás során például beszélgetésbe elegyedik az óriáskígyóval, majd (akaratán kívül) eltünteti a terrárium üvegfalát, ezzel kiszabadítva az állatot. Harrynek, akinek nincsenek barátai, egy nap levele érkezik a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Szakiskolából. Vernon bácsi azonban elpusztítja, mielőtt unokaöccse elolvashatná. Mikor újabb és újabb levelek érkeznek a Roxfortból - amit természetesen nem olvashat el Vernon bácsi jóvoltából - nagybátyja beleőrülve a levélzáporba elviszi családját egy kis, barátságtalan szigetre, ahol a "postások" biztosan nem találnak rájuk. Ám csalódnia kell: Hagrid által mégis eljut a címzetthez egy levél. Így a tizenegyedik születésnapján végre kiderül, hogy Harrynek varázsereje van és felvételt nyert a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Szakiskolába. Hagrid magával viszi Harryt Londonba, hogy az Abszol úton megvegyék a fiú tanszereit. Harry itt szembesül vele, hogy híres: a varázslók ismerik és tisztelik, mint a fiút, akinek köszönhetően megszabadultak Voldemort rémuralmától. Harry eljut a Gringottsba ahol pénzt vesz fel örökségéből és Hagrid pedig kiürít egy titkos széfet. A leendő varázsló a talár–szabónál találkozik először Draco Malfoyal; Hagrid megajándékozza egy bagollyal és Ollivandernél beszerzik a varázspálcát is. Mikor a bevásárlást követően Harry visszatér nevelőszüleihez azok gyakorlatilag rettegnek tőle.

Szeptember elsején Harry a King's Cross Pályaudvaron találkozik a Weasley családdal, akik segítenek neki megtalálni a kilenc és háromnegyedik vágányt, ahonnan a Roxfortba tartó vonat indul. Harry az utazás alatt összebarátkozik a legfiatalabb Weasley fiúval, Ronnal, valamint megismerkedik még jó pár leendő osztálytársával, többek között Hermione Grangerrel, Neville Longbottommal és Draco Malfoyjal. A Roxfortban megismeri az igazgatót, Albus Dumbledoret. A Teszlek Süveg Ront és Hermionét a Griffendélbe, Dracót a Mardekárba osztja. Harryt a süveg a Mardekárba akarja küldeni, de mivel ő sok rosszat hallott már a házról, tiltakozik, így végül a Griffendélbe kerül.

Harry és barátai különféle varázslatos tantárgyakat (bűbájtan, átváltoztatástan, bájitaltan, mágiatörténet, sötét varázslatok kivédése, gyógynövénytan, repüléstan) tanulnak a Roxfortban. Harry tehetsége az első repülés-órán feltűnik McGalagony professzornak, aki beajánlja őt a Griffendél kviddics-csapatába. Harry ezenkívül megismeri a Roxfort ellenszenves gondnokát, Fricset; egy ízben előle menekülve jutnak el a harmadik emeleti tiltott folyosóra, ahol egy háromfejű kutya őriz „valamit”. Miután Harry megkapja Nimbusz 2000-es seprűjét, megkezdődnek a kvidics edzések.

Miuán a fiúk megmentik Hermionét egy, az iskolába beszabadult trolltól; elválaszthatatlan barátokká válnak. A Mardekár elleni kvidics mérkőzésen valaki sötét varázslattal támadja meg a Griffendél fogóját – a tanulók Pitont gyanúsítják. A téli szünetet Harry a Weasley testvérekkel tölti az iskolában; az első igazi karácsonyára ő is kap egy „Weasley–pulcsit”, valamint apja láthatatlanná tevő köpönyegét. A köpenyt használva fedezi fel Harry Edevis tükrét, ami az ember legáhítottabb vágyát mutatja meg.

Hála acsokibékás kártyáknak a barátok megfejtik, mit őriz Bolyhoska a tiltott folyosón. A következő Hugrabug-Griffendél kvidics meccset már Piton professzor vezeti – mindenki szerint azért, hogy nehogy a Griffendél megelőzze a Mardekárt a pontversenyben. A nagyon rövid mérkőzés után Harry kihalgatja Piton és Mógus professzorok furcsa beszélgetését.

Közben egy titokzatos idegentől Hagrid sárkánytojást nyert; aki Bolyhoskáról érdeklődött. A kis sárkány miatt Harry, Hermione, Neville és Draco bűntetést kap – a Tiltott Rengetegben kell segíteniük Hagridnak megkeresni egy sebesült egyszarvút. Harry és társai találkoznak az erdőben élő kentaurokkal és Firenzétől megtudja, hogy valaki a Tiltott Rengetegben unikornisokat öl, hogy vérükkel életben tartsa a lelkét.

A tanév végére megfejtik hogy a kő Voldemortnak kell, hogy visszanyerje az erejét. Miután McGalagony professzor nem hallgat Harryre, a fiú Ronnal és Hermionéval elindul, hogy megfékezze Voldemortot. Sorra le kell győzniük a követ védelmező akadályokat: a háromfejű kutya mellett egy ördöghurok nevű húsevő növény, néhány repülő kulcs, egy sakkjátszma, egy elkábított troll és egy mágikus rejtvény várja őket. Végül Harry szembenéz ellenségével, aki meglepetésére nem Piton, hanem Mógus, tarkóján Voldemort arcával. A bölcsek kövét Mógus csupán Edevis tükrén keresztül tudná megszerezni, de erre képtelen. Mikor a professzor fenyegetésére Harry belenéz a tükörbe, a kő varázslat folytán hozzá kerül (csak az tudta megszerezni a követ, aki meg akarta találni ugyan, de nem volt vele célja – ezt Dumbledore találta ki). Voldemort először hízelgéssel, majd erőszakkal próbálja elvenni tőle a követ, de a fiút megvédi az anyja szeretete és önfeláldozása: amikor Mógus-Voldemort hozzáér Harry bőréhez, Mógus bőre felhólyagozódva megég. Voldemort végül elhagyja Mógust, aki ezután meghal.

Dumbledore és Flamel úgy határoznak, a bölcsek kövét megsemmisítik, nehogy Voldemort újból megpróbálja megszerezni. A Griffendél a házak pontversenyén végül mégis győzelmet arat, Harry pedig hazatér Dursleyékhez, akik mit sem tudnak arról, hogy az iskolán kívül tilos varázsolni…